当前我国经济发展进入新常态，许多传统行业的增长开始放缓，节能环保问题逐渐被国家和企业重视起来。药厂净化车间设计时常考虑的是工艺布局和GMP要求，而对节能方面的设计却常常忽视。能源消耗费用在药厂净化车间成本中占有很大的比例，其中空调系统的能耗占总能源消耗的一半左右，所以空调系统的节能是降低药厂净化车间成本的切实可行的办法。
空调系统的节能降耗与很多因素有关，主要取决于工程设计、施工安装质量、设备制造质量与技术水平以及日常使用管理等四方面的因素。在药厂净化车间的设计中，一般没有较详细的冷、热负荷计算和节能技术措施方面的说明，大多用概算指标估算，且估算过程中常对冷、热负荷选用较大，使冷、热主机长期在低负荷与低效率状态下运行，从而导致“大马拉小车”的现象。同时，盲目追求高洁净度来提高洁净级别也常在一些药厂净化车间项目中存在，造成固定资产的投资增加，能源浪费。
相反，有的药厂投资人为节约初期投资而擅自降低设计要求，购置价格相对低廉的设备，如冷水机组、水泵和风机等，这些设备实际效率较低，常常把能源和资金白白消耗掉，使投资人得不偿失，也会给企业在运行、维护、管理等方面带来沉重的负担。因此，药厂净化车间中央空调设计应按照GMP和生产工艺要求合理设定洁净级别，从安全、适用、舒适、节能等方面选择参数，进行仔细的空调冷热负荷计算，把冷热负荷作为选择设备的主要依据，选择性价比佳的中央空调系统。
药厂净化车间空调处理机组包括新风段、回风段、混合段、初效段、表冷段、加热加湿段、风机段、中效段、送风段等，经风管分配到末端高效过滤器，再将洁净、温湿度适宜的风送到各房间，因此，风机盘管和空调机组的节能在整个中央空调系统节能效能中也很重要。其中，初效、中效和高效过滤器应选择风阻小、过滤效果高的滤材和产品;表冷和换热器盘管的材质一般选用传热效率高的薄壁铜管，采用高效率的亲水翅片以提高系统设备的传热效率;选用保温效果好的保温材料等。这些都是切实可行的药厂净化车间节能方法。
