除了检测空气中细菌数量之外，在生物洁净室中还要经常要求进行墙面、地面或物体表面污染状况的检测，以便采取消毒灭菌对策。这种测定一般是定性的，尚没有严格的控制标准。
常用的表面污染菌的测定方法简介如下：
1、按压法
按压法是一种把具有一定面积的固型培养基或用液体润湿的棉花球等轻轻按在检测部位，随后进行培养读数的方法，使用固型培养基的方法有罗达克平板法、琼脂腊肠法、压型琼脂法等，利用棉花球的方法有压型扩展法
2、擦拭法
擦拭法是指用生理盐水润湿的棉花球等擦拭一定面积的待测表面，清洗附着的细菌，或者用轻柔的超声波处理培养振荡出来的液体，然后统计细菌数的方法。美国、英国、加拿大等国家广泛采用这种方法。擦拭材料有脱脂棉、纱布、特殊纤维布等，润湿剂有生理盐水、各种缓冲液、液体培养基等。
3.真空吸引法
与电除尘器具有相同机构，方法是：用一特殊吸引用喷嘴正对待测表面，维持某个微小距离，以一定风量、风速吸入空气，再用薄膜过滤器过滤采样空气，然后培养附着在滤膜上的细菌，最后检出细菌数量。
表面附着菌的测定方法，随待测场所或物体的形态不同，可选用相应的方法。按压法适用于待测表面或部位是平面的情况，不适用于待测处是曲面的情况。而擦拭法对平面、曲面均适用。真空吸引法虽然平面、曲面均可以使用，但被测表面为曲面时会有一些误差。
